随着季节变换，每年的11、12月都是候鸟迁徙的时间。上海动物园天鹅湖水域充沛、食物丰盛、资源丰富，每年都会吸引众多候鸟前来停栖、过冬。
自11月份中旬开始，陆续有夜鹭、小白鹭、苍鹭、绿头鸭、绿翅鸭、鸳鸯等众多水鸟飞来，或短暂修整后继续向南出发，或停留在湖区中等待开春再飞回北方。候鸟的到来增加了鸟类的观赏品种，但是也易带来禽流感等不可预知的病菌。
因而，在这期间加强消毒工作就显得尤为重要。针对这一情况，上海动物园对各个展区提升了消毒频次，将日常消毒和突击消毒相结合；12月中旬还进行了全方位的突击消毒，消毒范围涵盖了鸵鸟棚、雉鸡园、孔雀园、进入式鸟园、热带鸟馆以及候鸟聚集的天鹅湖各岛和其周边区域等。