大棚大部分时间种植蔬菜，特别是冬季，给病虫害的越冬繁衍提供了适宜的生态条件，使蔬菜病虫害及生理障碍日趋严重。因此，病虫害的防治和克服作物生理障碍，是大棚栽培蔬菜成功的关键。
(1)高温生理障碍：主要表现影响花芽分化，如黄瓜在高温长日照下雄花增多，雌花分化减少；番茄、辣椒花芽分化时遇高温，花变小，发育不良。
日烧：主要症状，初期叶片褪色后变为乳白状，然后变黄枯死。
落花落果，出现畸形果。高温，尤其是夜间高温不但延迟番茄第一花序的雌花分化，而且还会影响雄蕊的正常生理机能，不能正常授粉，引起落花落果。
影响正常色素形成：果实成熟期高温危害表现在着色不良。番茄成熟时，温度超过30℃，茄红素形成慢；超过35％，茄红素难以形成，果实出现黄、红的几种颜色相间的杂色果。
防止措施：主要是加强通风，使叶面温度下降。遮阳网覆盖，也可以用冷水喷雾，降低棚温。
氨气中毒：当氨气在空气中达到0.1％-0.8％浓度时，就能危害蔬菜，如果晴天气温高，氨气挥发浓度大，1-2小时即可导致黄瓜植株死亡。
防治措施：有机肥要充分熟腐施用，化肥要量少勤施。