根据环保部等七部委联合印发的《关于开展长江经济带国家级自然保护区管理评估工作的通知》精神，环保部等七部委组织专家组对上海进行国家级自然保护区管理工作评估，上海崇明东滩鸟类国家级自然保护区也在本次评估之列。
12月18日下午，长江经济带国家级自然保护区管理工作启动会在市环保局四楼第五会议室正式启动，评估工作专家组组长、中南林业调查规划设计院熊嘉武介绍了本次评估工作的具体要求，他指出此次新一轮的长江经济带国家级自然保护区管理评估工作是落实《国家级自然保护区监督检查办法》，提升国家级自然保护区管理水平的重要手段，同时与今年开展的“绿盾2017”专项行动以及今后的专项检查互为结合，通过分析国家级自然保护区管理现状、工作进展及存在问题，提出有针对性的意见和建议，并对国家级自然保护区形成专项行动与管理评估等例行监管手段相结合的长效监管机制。
12月19日上午，专家组一行六人在上海市绿化市容局野生动植物保护处副处长薛程的陪同下来到东滩保护区，正式来开此次评估管理动作序幕，保护区管理处党支部书记、副主任沈帅，副主任钮栋梁、马强以及相关科室负责人进行了陪同。评估工作专家组首先来到保护区管理处二楼监控室，了解了保护区信息化建设相关情况；随后前往前哨社区自然教育中心了解保护区在社区合作、社区共管方面的情况，并于东旺沙边防派出所教导员就联合执法方面的工作进行了简单交流；之后前往东滩鸟类科普教育基地及崇明东滩生态修复项目区域进行了实地察看，了解保护区开展的科普教育以及生态修复方面的工作。
下午，评估工作专家组在东滩保护区北八滧管护站会议室召开评估工作会议，与会专家在听取保护区自评估有关报告后，结合现场查看的台账实际提出了相关意见和建议，并组织保护区基层职工进行了座谈，随后专家进行了内部交流和评分。最后，专家组组长熊嘉武代表评估工作专家组向保护区管理处进行了考评意见反馈。