1、柠檬蜂蜜在制作完成后，要放在25度以下的恒温中保存，让柠檬蜂蜜完成泡制过程，从而更好的发挥其营养价值，而放在冰箱冷冻层则达不到这个效果。
2、严格消毒无开封的柠檬蜂蜜放在冰箱可以保存1-3个月。蜂蜜具有防腐作用，用蜂蜜浸泡的柠檬也可以保持很久不会腐坏，放在冰箱中更是可以保存长达三个月左右。
3、蜂蜜柠檬温度较低的时候不放冰箱也还是可以的。温度较低的时候蜂蜜柠檬水中细菌滋生较少，因此不放在冰箱常温放置也是可以的，若是温度高于15摄氏度，就需要即泡即喝，不能长时间放置了。
4、蜂蜜柠檬水在常温中保存的话一定要盖盖子，减少一些细菌进入蜂蜜柠檬水中的概率。