产业组织理论对于合作创新的解释，也具有理论意义。产业组织理论认为合作创新是技术外溢内部化的有效途径（d'aspremont＆jacquemin，1988；de bondt，1996），belderbos教授等（2004）从r＆d外溢的角度考虑r＆d合作的决定性因素。一方面，用以反映外部信息流对企业创新过程的重要性，称之为流入溢出（incoming spillovers）；另一方面，企业通过控制信息的流出力图独占创新成果，称之为流出溢出（outgoing spillovers）（belderbos et al.，2004）。企业可以通过增加r＆d投资提高吸收能力来促进r＆d合作的流入溢出效应，而通过知识产权保护机制减少流出溢出。流入溢出能增加r＆d合作的魅力，而流出溢出则不利于r＆d合作协议。belderbos等人证实流入溢出是r＆d合作的重要的决定性因素，企业总是选择能带来最大潜在价值的知识流入方作为合作伙伴，但是对于与竞争者之间的合作，流入溢出的影响较小；流出溢出对于竞争对手之间的合作有消极影响（belderbos et al.，2004）。获取互补知识和技术是r＆d合作最重要的目的（sakakibara，1997；narula，2002），没有较强的内部技术能力，企业不可能成为有魅力的合作伙伴，也无法从外部知识源充分获益（miotti＆sachwald，2003；negassi，2004）。仅仅获取外部知识是不够的，企业必须有充分的吸收能力消化吸收和利用外部资源促进创新（cohen＆levinthal，1990；negassi，2004）。
由于技术存在外溢效应，而专利制度只能起到部分的保护作用，因此企业无法独占创新成果，这通常会挫伤企业技术创新的积极性，导致企业在研究开发上的投资少于社会最优投资。从产业经济学的角度来看，合作创新具有以下作用：（1）合作可以将研究开发的外部效应内部化，保护了创新的投资；（2）合作消除了重复研究和重复投资，而且知识的分配和共享、企业合作的协同效应将使创新显示出更高的效率；（3）通过成员企业共同投资，跨组织合作可以完成企业单独无法承担的大规模研究项目；（4）跨组织合作可以克服专利制度不完全时，研究开发中常常遇到的“搭便车”现象，从而提高企业创新的积极性。