1、培养方向不同。学术硕士，以培养教学和科研人才为主，专业硕士，培养具有扎实理论基础并适应特定行业或职业实际工作需要的应用型高层次专门人才。 校内培养方式不同，专业硕士要求有校外实习导师。
2、报考条件不同，招生专业不同，招生考试不同。专业硕士部分专业参加的是联合考试，比如管理类联考、经济类联考。调剂要求不同，一般情况下，考研调剂，学术硕士可以调剂到专业硕士，但专业硕士不能调剂到学术硕士。
3、学习方式不同，学术硕士学制一般为3年，专业硕士学制为2-3年，颁发的学位不同，学术硕士颁发普通的硕士学位，而专业硕士颁发的是专业学位。