风机盘管在安装前应检查叶轮是否有瑕疵，能否转动，并且对风机盘管进行试压，检查盘管及各阀是否有泄漏的问题。水管与风机盘管连接处应采用软管，接管应平直，严禁渗漏。
由于气候问题，北方冬季温度较低，应做好风机盘管的水管的防冻措施，防止水管冻裂。冬季供给热水温度应不高于80℃，要求供给清洁的软化水，夏季供给的冷水不应低于6℃。风机盘管进出水管在夏季使用时加保温层，防止产生凝聚水。
风机盘管的管道中由于机械杂质和污泥等会造成水管堵塞，可以在与风机盘管连接的冷、热水管的进水管上安装y型水过滤器，避免以上问题出现。